Introducción: Los virus influenza B son uno de los agentes causales de la enfermedad infecciosa aguda de las vías respiratorias conocida como Influenza, gripe o catarro común. Se caracterizan por ocasionar anualmente altas tasas de morbilidad y mortalidad debido a la ocurrencia de casos esporádicos, brotes y epidemias. La caracterización molecular de estos agentes es indispensable para la formulación vacunal, la detección de variantes emergentes los estudios de evolución, entre otras. Actualmente son reconocidos a nivel mundial la existencia de dos linajes de los virus influenza B (B/Yamagata y B/Victoria) que se mantienen cocirculando.  Método: El presente trabajo se propuso introducir en el laboratorio nacional un ensayo de RT-PCR en tiempo real para la identificación de los linajes de virus influenza B circulantes mediante el procesamiento de la totalidad de las muestras que resultaron positivas a virus influenza B en el período comprendido entre octubre 2013 y abril 2014. Resultados: Se procesaron un total de 156 muestras clínicas respiratorias positivas a virus influenza B. Al finalizar el 2013, 60 muestras (38,4%) fueron identificadas como pertenecientes al linaje B/Victoria y 63 (40%) al B/Yamagata. El 100% de las muestras diagnosticadas durante el 2014 fueron caracterizadas como pertenecientes al linaje B/Yamagata que no se detectaba desde el 2008. Conclusión: El ensayo introducido identificó la co-circulación de los dos linajes de virus influenza B en proporciones similares y el posterior desplazamiento de la circulación durante el 2014 del linaje B/Victoria.   Los resultados orientan hacia  la necesidad de considerar el empleo en Cuba ende vacunas tetravalentes de virus influenza por parte del Programa Nacional de Prevención y Control.